Фонды архива можно условно разделить на два комплекса.
Первый - документы по истории Выборгской, Куопиоской и Миккельской губерний Финляндской Республики (Великого княжества Финляндского) за период: 1635-1944 гг. Это документы Выборгского, Куопиоского, Миккельского губернских правлений, городских дум и управ, сельских общинных управлений, контор коронных фохтов и коронных ленсманов, полицейских учреждений губернии, Выборгского гофгерихта, лагманских и уездных судов, финансовых, кредитных и страховых учреждений, промышленных предприятий, учреждений землеустройства и лесного хозяйства, школ, лицеев, гимназий, культурно-просветительных учреждений, благотворительных обществ, Выборгского и Финляндского духовного правлений, православных церквей. Большую часть этого комплекса составляют документы на шведском, финском, немецком языках.
Второй комплекс - документы по истории Ленинградской области с момента её образования в 1927 году до наших дней.
В архиве хранятся фонды Законодательного собрания Ленинградской области, Администрации и Правительства Ленинградской области, комитетов и управлений Администрации области: Комитета общего и профессионального образования и Управления народного образования Ленинградской области, Комитета по здравоохранению Ленинградской области, Комитета по культуре Ленинградской области и др.
Значительную часть фондов советского периода составляют фонды исполкомов окружных, городских, районных, поселковых, сельских Советов и их отделов.
Фонды промышленных предприятий области представлены документами Выборгского судостроительного, Выборгского приборостроительного заводов, Выборгского завода «Электроинструмент», целлюлозно-бумажных комбинатов в Светогорске, Выборге и Приозерске, Лесогорского завода искусственного волокна, Киришского биохимического завода, цементного завода «ЦЕСЛА» (г. Сланцы) и др.
Документы по истории сельского хозяйства области содержатся в фондах комитета по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области, управлений и трестов совхо-зов, «Леноблколхозсоюза», колхозов и совхозов.
В ГКУ ЛОГАВ имеется большой объем документов фондов организаций промысловой и потребительской кооперации области.
В архив поступили фонды судебных учреждений и областной прокуратуры.
В ГКУ ЛОГАВ хранятся архивные коллекции: документы старых большевиков; участников Великой Отечественной войны; передовиков производства; коллекция трудовых книжек работников промысловой кооперации; документы деятелей культуры.
Фонды личного происхождения представлены документами: заведующего Выборгским Окружным архивом Р.Н. Розена, вице-консула Франции в г. Выборге Ф.К. Вийка, вице-консула Дании в г. Выборге Вильгельма Перандера, помещика А.И. Фредерикса, прокурора Ленинградской области А.А. Земсковой-Чиж, историка – краеведа Э.Н. Абакшиной, заслуженного агронома Н.Д. Кладова.
Всего в архиве на 01.01.2017 г. хранится 3297 фондов 1135955 дел