Подчиненность: Архивное управление Ленинградской области.
В структуру ГКУ ЛОГАВ входит 6 отделов:
• отдел обеспечения сохранности и учёта документов и фондов (ООСиУДФ);
• отдел использования и публикации документов (ОИПД);
• отдел информационно-поисковых систем и автоматизированных архивных технологий (ОИПСиААТ);
• отдел комплектования фондов;
• лаборатория обеспечения сохранности документов;
• отдел материально-техничеcкого снабжения.

Сотрудники отдела обеспечения сохранности и учёта документов и фондов обеспечивают сохранность документов, осуществляют подготовку дел к выдаче в читальный зал и для работы сотрудникам архива, проводят проверку наличия дел, работу по учёту документов и фондов архива.
Основным направлением работы сотрудников отдела использования и публикации документов является исполнение запросов граждан, организаций. Ежегодно в архив поступает от 3 до 5 тысяч запросов. В архиве проводятся выставки архивных документов, Дни открытых дверей, которые преследуют цель - донести до жителей и гостей Выборга информацию по истории Ленинградской области. Сотрудники архива готовят сборники архивных документов, статьи для публикации в газетах области.

В архиве работает читальный зал для исследователей, занимающихся изучением архивных документов.

Работники отдела информационно-поисковых систем и автоматизированных архивных технологий проводят оцифровку архивных документов, занимаются усовершенствованием научно-справочного аппарата к фондам архива, в том числе, наполнением информацией АИС «ПИК Архивы Ленинградской области», в части фондов ГКУ ЛОГАВ.

Сотрудники отдела комплектования курируют работу организаций - источников комплектования ГКУ ЛОГАВ в сфере делопроизводства и архивного дела, осуществляют прием документов в государственный архив.
Работники Лаборатории обеспечения сохранности занимаются дезинфекцией, реставрацией архивных документов, переплётом архивных дел.